不動産の売買や、相続、贈与によって所有者が変わった場合、不動産取得税や相続税、贈与税などさまざまな税金がかかります。この税のなかでも登記に特有なのが『登録免許税』という税金です。これは不動産の権利者などの登記簿への記載、会社の本店や代表取締役などの登記簿への記載をする代わりに納めなければならない税金です。
あとから徴収というものではなく、登記の申請時に一緒に納める形になっています。
そのため、司法書士が登記の申請時に立て替えて払うケースが多いです。
司法書士を介して支払うことが多いので（大抵は司法書士からの請求書に含まれている）自ら税金を支払ったという感覚にはなりにくいかもしれません。
「司法書士からの請求書が高い！」と言われることもありますが、実際はそのほとんどが登録免許税分ということも少なくありません。
この登録免許税、売買、相続、贈与などその不動産の移転のきっかけによって、金額が変わります。
たとえば土地の売買は土地の評価額の1000分の20（現在は別の法律で1000分の15とされている）です。評価額1000万円の土地であれば、15万円を国に納めることになります。
これが相続による名義変更であれば1000分の4となります。評価額が1000万円の土地の場合は4万円を国に納めるということになるわけです。
売買は相続の約4倍、税金が高くなります。これは相続は人の死によって発生するものなので、いつ発生するのか分からず、また必ず発生する（人は必ず死ぬ）ものであります。
なので売買や贈与など個人で発生時期をコントロールできるものと違い税額を安く抑えてあるのです。
これに対して、贈与は1000分の20と結構高いです。（評価額1000万円の土地であれば20万円の税金）また別に贈与税や不動産取得税なども発生します。贈与の登記自体はそれほど難しいものではありませんが、必ず税金の問題がつきまとってくることに注意が必要です。